全祖望特别重视黄宗羲《易学象数论》一书，指出其考辨图书象数学之是非的价值。同时就《授书随笔》与《尚书古文疏证》作者阎若璩的关系，《孟子师说》与刘宗周的关系等，全祖望也做了说明。关于史学类，全祖望说：
史学则公尝欲重修《宋史》而未就，仅存《丛目补遗》三卷。辑《明史案》二百四十四卷，有《赣州失事纪》一卷，《绍武争立纪》一卷，《四明山寨纪》一卷，《海外恸哭纪》一卷，《日本乞师纪》一卷，《舟山兴废》一卷，《沙定洲纪乱》一卷，《赐姓本末》一卷。又有《汰存录》一卷，纠夏考功《幸存录》者也。黄宗羲对宋史、明史用力甚勤，《明史案》对清廷史局编撰《明史》起到了重要作用。黄宗羲关于晚明的史著，除《海外恸哭纪》、《汰存录》之外，《赣州失事》等书与其他相关著述后来合为《行朝录》一书。全祖望也承继黄宗羲事业，对于晚明史多有关注。全祖望还特别表彰了他对官修《明史》的贡献。康熙十七年，清廷特开博学鸿儒科，时任翰林院掌院学士的叶方蔼（1629—1682）举荐黄宗羲，他坚辞不赴。次年，清廷重开明史馆，时任明史馆监修的内阁学士徐元文认为黄宗羲“非能召使就试者，然或可聘之修史”，于是“诏督抚以礼敦遣”。他仍以母老已病力辞。不过对于修史，黄宗羲自始至终都予以了高度的关注。这主要表现在三个方面：其一，允许官府抄录其有关《明史》著述送至史局；其二，派遣其子黄百家、弟子万斯同赴京参与史局；其三，亲自厘定“史局大案”。据全祖望总结，黄宗羲对《明史》的贡献，共有七项：
一、《本纪》则削去诚意伯撤座之说，以太祖实奉韩氏者也。
二、《历志》出于吴检讨任臣之手，总裁千里贻书，乞公审正，而后定其论。
三、《宋史》别立《道学传》为元儒之陋，《明史》不当仍其例，时朱检讨彝尊方有此议，汤公斌出公书以示众，遂去之。
四、其于讲学诸公，辨康斋无与弟讼田之事，白沙无张盖出都之事，一洗昔人之诬。
五、党祸则谓郑鄤杖母之非真，寇祸则谓洪承畴杀贼之多诞。
六、至于死忠之籍尤多确核，如奄难则丁乾学以牖死，甲申则陈纯德以俘戮死，南中之难则张捷、杨维垣以逃窜死，史局依之，资笔削焉。
七、《地志》亦多取公《今水经》为考证。
其中特别关键的其实是三项：一是《明史》是否设道学传的争议；二是关于《本纪》、《儒林》以及晚明的党祸、死忠等相关史实的考辨；三是《历志》的审核与提供《今水经》供《地志》参考。应该说黄宗羲虽未亲自参与史局，却对《明史》的纂修发挥了至关重要的作用。也正因为如此，全祖望将其比作汉代的刘向。他说：
盖自汉唐以来大儒，惟刘向著述强半登于《班史》，如《三统历》入《历志》，《鸿范传》入《五行志》，《七略》入《艺文志》，其所续《史记》散入诸传，《列女传》虽未录，亦为《范史》所祖述，而公于二千年后，起而继之。
刘向虽然没有参与《汉书》的纂修，但是他的各种著述却对《汉书》的纂修起到了关键作用，两千年以来也只有黄宗羲可与之相比。这个例子是十分恰当的。全祖望对黄宗羲与《明史》的关系所做的梳理与评价，也是非常到位的。关于历算类，全祖望说：
历学则公少有神悟，及在海岛，古松流水，布算簌簌。尝言：勾股之术，乃周公、商高之遗，而后人失之，使西人得以窃其传。有《授时历故》一卷，《大统历推法》一卷，《授时历假如》一卷，《西历》、《回历假如》各一卷，外尚有《气运算法》、《勾股图说》、《开方命算》、《测圆要义》诸书，共若干卷；其后梅征君文鼎本《周髀》言历，世惊以为不传之秘，而不知公实开之。
关于历学，全祖望特别指出，黄宗羲早就已经说明勾股定律起源于中国的周代，后来被西洋人学去，这一说法则过于武断。同样，说清初数学家梅文鼎的以“《周髀》言历”为黄宗羲所开启，也有武断之嫌。对于黄宗羲的诸多历学、算学之书，他也一一说明，还说到鲁王监国时，“作《监国鲁元年大统历》颁之浙东”。关于文集、杂著类，全祖望说：
文集则《南雷文案》十卷、《外集》一卷，《吾悔集》四卷，《撰杖集》四卷，《蜀山集》四卷，《子刘子行状》二卷，《诗历》四卷，《忠端祠中神弦曲》一卷。后又分为《南雷文定》，凡五集；晚年又定为《南雷文约》，今合之得四十卷。《明夷待访录》二卷、《留书》一卷，则佐王之略，昆山先生顾炎武见而叹曰：“三代之治可复也！”《思旧录》二卷，追溯山阳旧侣，而其中多庀史之文。
全祖望对黄宗羲各种文集的来龙去脉十分清楚，其中最为欣赏的还是《明夷待访录》、《留书》，誉其为“佐王之略”，还特地引述顾炎武对此书的称誉。关于《思旧录》，则认为其一表遗民之情，一存晚明之史。至于其他著述，全祖望说：
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