公又选明三百年之文为《明文案》，其后广之为《明文海》，共四百八十二卷，自言多与十五朝国史弹驳参正者。而别属李隐君邺嗣为《明诗案》。隐君之书未成而卒。晚年，于《明儒学案》外，又辑《宋儒学案》、《元儒学案》，以志七百年来儒苑门户。于《明文案》外，又辑续《宋文鉴》、《元文抄》，以补吕、苏二家之阙，尚未成编而卒。又以蔡正甫之书不传，作《今水经》。其余《四明山志》、《台宕纪游》、《匡庐游录》、《姚江逸诗》、《姚江文略》、《姚江琐事》、《补唐诗人传》、《病榻随笔》、《黄氏宗谱》、《黄氏丧制》及自著《年谱》诸书，共若干卷。
全祖望对从《明文案》到《明文海》的发展做了说明，还说到黄宗羲曾嘱咐李邺嗣（1622—1680）编撰《明诗案》，这应该与黄宗羲自己编撰的《明文案》是一个工程。后来李邺嗣编撰《甬上耆旧诗》，也可以说是《明诗案》工程的一部分，全祖望之后也续编了《续甬上耆旧诗》一书。关于《宋儒学案》、《元儒学案》，全祖望说是“志七百年来儒苑门户”，这一工程黄宗羲仅初定规模，后由全祖望完成。黄宗羲其他著述，全祖望也都列举了书名，可以说对其著述都认真做了一番梳理，为后来整理“黄氏遗书”提供了方便。
不过，全祖望的碑文中也有几处欠考失当，如记载“白马别会”一事，说黄宗羲“约吴越中高材生六十余人共侍讲席”，综合多种材料来看，此事并非黄宗羲首倡，也并非六十余人；记顺治二年（1645）六月，黄宗羲“南中归命，公踉跄归浙东，则刘公已死节”，据黄宗羲《思旧录》“刘宗周”条，他曾到刘宗周绝食避难的杨塴会面。另外值得一提的是，全祖望本人特重经史之学，故对黄宗羲师事刘宗周一节以及传承蕺山义理学等方面较为忽视，这也可以说是此碑文的一个缺失之处。
总的来说，碑文中对黄宗羲的学术渊源、宗旨、承继的述评，彰显了黄宗羲学术的特色，对此，较全祖望稍晚、曾作《南疆逸史跋》十二篇的杨凤苞（1754—1816）评论此文说：“是碑以学术为脉络。梨洲大节，始也讼冤对簿，继也钩党被逮，终也起兵从亡。而其究得保完节以老，逐层铺叙，无不归于学术，若网在纲，有条不紊。”黄千人也认为此文“能尽其平生之志”，故又请全祖望为其叔祖黄宗炎撰写墓表。还有郑性的友人钱际盛说：“是足以毕高州之一憾矣。”因为黄家原本希望郑梁撰写碑文，但郑氏早逝，所以他们认为全祖望撰写此碑文也完成了郑梁生前的一桩憾事。
二
在《鲒埼亭集》中，《甬上证人书院记》、《二老阁藏书记》、《答诸生问南雷学术帖子》三文则补充《碑文》，从而对黄宗羲学行的评定更为到位，同时对其某些观点也有商榷，反映出全祖望尊师却不盲从的治学态度。
《甬上证人书院记》在表彰黄宗羲讲学甬上、传承蕺山之学，以及讲学的宗旨、影响之外，对其学行进行了评述：
然先生之学极博，其于象纬图数，无所不工，以至二氏之藏，亦披抉殆尽，浅学之徒，遂有妄诋以驳杂者。不知先生格物，务极其至要，其归宿一衷以圣人之旨，醇如也。夫学必于广大之中求精微，倘以固陋之胸，自夸击尽疵类，何足道哉。平生流离颠沛，为孤子，为遗臣，始终一节，一饭不忘君父，晚年名德岿然，翘车所不能致，遂为前代之完人。其为躬行，又何歉焉。
全祖望在此文中，为黄宗羲做了辩护，他认为黄氏学术并不驳杂，反而是博而工，因为黄的学术都归宿于圣人之旨，是纯正的圣学，圣学应该就像黄宗羲那样能“于广大之中求精微”。他也认为黄宗羲一生于躬行也无亏缺，作为孤子、遗臣，“平生流离颠沛”，却能保持气节，已属不易，所以推之为“前代之完人”。
在《二老阁藏书记》中，全祖望对黄宗羲更是推崇备至。其中说：
有明以来，学术大坏，谈性命者迂疏无当，穷数学者诡诞不精，言淹雅者贻讥杂丑，攻文词者不谙古今，自先生合理义、象数、名物而一之，又合理学、气节、文章而一之，使学者晓然于九流百家之可以返于一贯。
此处全祖望批评了晚明学术，特别是理学的空疏、象数之学的诡异等等，他认为只有到黄宗羲那里才是“理义、象数、名物”合一，“理学、气节、文章”合一，九流百家一贯，这一评价非常高。全祖望在《续甬上耆旧诗》中所作的黄宗羲小传，其中详述了黄宗羲与甬上学人的关系，这是他的其他文章所不曾论及的，其中说：
先生少从忠端公学于甬上，其时忠端授徒董氏，即天鉴先生家。……先生与文虎、履安尤相善，共豫蕺山证人之席。桑海之际，与跻仲为同事。丙戌而后，先生兄弟流离患难，实赖吾甬上诸公之力以免。其继陆、万诸公称死友者，为高废翁故峰、隐学李杲堂。故先生自言生平师友，皆在甬上。及风波稍息，重举证人之席，虽尝一集于会稽，再集于海昌，三集于石门，总不甚当先生之意。尝曰：“甬上多才，皆光明俊伟之士，足为吾薪火之寄。”而吾甬上当是时，经史之学蔚起，雨聚笠，霄续灯，一振前辈之坠绪者，亦以先生左提右挈之功为大。
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