帝师不仅在元廷享有极高的地位，而且作为全国佛教的最高领袖备受尊崇。忽必烈曾把西藏十三万户封给第一任帝师八思巴作为供养地，使之成为西藏地区最高统治者。帝师往来于京城西藏，百官均隆重迎送。其在世时接受大量的布施、赠赏，死后赐金亦十分优厚。帝师的子弟、门徒也大多受封官号，享有极大的特权。元朝做佛事之频繁、规模之大、用度之巨都是十分罕见的。
但是，由于受到帝师八思巴的影响，在元朝佛教各派中，吐蕃佛教在元廷中的地位最高，而就全国而言，最为流行的则是禅宗。同时，从佛教派生的白云宗，即“白莲教”，在南方也拥有了越来越多的徒众，到元末竟成了农民起义军最初的主要力量。
道教在元代比较盛行。元朝时期，在北方活动的道教，主要是太一、大道、全真三派及浑元教。在这些教派中以全真对蒙古统治者的影响最深。
全真教由道士王重阳创建，教义主旨在于宣扬儒、释、道三家合一，兼而修之，故号全真。因在金末元初，全真派掌教丘处机西行觐见成吉思汗的关系，全真教在蒙古帝国时期前期的三四十年内，成为北方道教的主要势力，形成了一门独尊的势头。后来在蒙哥在位时期，佛教与道教为谁是正宗的问题发生争论，全真教在两次佛道辩论中都失败，结果使道教的地位降至佛教之下，而且也改变了全真教在北方道教诸派中一门独尊的局面。但贯穿元朝始终，南方主要是太一、大道这些自宋以来就进行传播的宗教，而北方道教依旧是全真为尊。
伊斯兰教早在唐代就已经传入我国。元代一般称伊斯兰教徒为回回人。“回回”一名则是“回纥”的谐音。元朝境内的回回人主要来源于蒙古西征时从中亚、波斯和大食俘掠来的人口或当时投降依附蒙古的官员将领，当然也有相当部分的商人。回回构成了色目人中的绝大部分，政治上很受蒙古统治者信任，不少人在中央衙门或地方官府担任要职。如元朝的著名能臣赛典赤就是回回。
基督教（主要指聂思脱里教）也是唐代传入我国的，当时被称为“波斯经教”，又称为景教或大秦景教。9世纪中期，由于唐政府的取缔，基督教在内地趋于灭绝。但在辽金时期，景教在中国西北民族中广泛传播。蒙古草原上的克烈部、乃蛮部都信奉基督教。这些部落被成吉思汗灭亡后，基督教也随着被征服的部众重新传入内地。因为基督教是从西北地区重新进入内地的，所以元代西北地区仍是基督教教徒比较集中的地区，此外因商业原因，大都乃至江南沿海各地也有许多信徒。
摩尼教是唐代传入中国的又一教派，是唐代漠北的回鹘汗国所信奉的宗教。因为回鹘人帮助唐朝平定“安史之乱”有功，所以摩尼教在唐代受到保护。840年回鹘人西迁以后，把摩尼教带入了吐鲁番地区。而内地的摩尼教虽遭唐政府禁限，但并未灭绝，在东南沿海一带的民间仍然被信奉。因为摩尼教崇拜光明，因此也称“明教”。到了元代，元朝人像对待其他宗教一样对待明教，并不进行干预，将其和基督教一样看待，不加区分。当时明教在泉州、温州地区十分流行，并建有寺院。
在元朝，天主教也传入了中国。因为蒙古大军的西征，使罗马教廷为之震动，因此法国国王和教廷都曾遣使者到达过中国。蒙古人掳回的战俘中也有东正教徒和天主教徒，后来他们定居在蒙古本土和汉地，所信仰的宗教也随之东来。但影响远不及基督教。
相较于东正教徒和天主教徒，犹太教进入中国的时间就要早得多了。宋代时，就有相当数量的犹太人定居在了开封。他们是来自波斯或中亚落籍不归的西域商旅的后裔。在开封，这部分犹太人有自己的社区，保存了自己的宗教。金代，1163年，开封的犹太人还在俺都喇的组织下开始修建了“祝虎院”，即犹太教教堂。元代，犹太人被称为术忽，或主吾，有的时候也被称为术忽回回。蒙古人并不注意区分伊斯兰教徒和犹太教徒，把他们都视为一类人。总之，只要他们的宗教信仰不损害蒙古统治的尊严，蒙古人对回回人和犹太人则采取放任态度，不予干涉。
另外，由于宋元时期海上贸易发达，自宋朝起，就有来华的信仰印度教（即湿婆教）的印度人。总之，应该说元朝对于宗教的宽容政策是成功的，在元朝没有发生过像西方国家那样的大规模的宗教战争，与统治者的这种态度是分不开的。
名家回眸
作为多民族的统一国家，元朝统治下的中国文化具有开放性与多元性的特点，在宗教、思想、史学等各个领域，均呈现出丰富多彩的内容。
元朝之所以在宗教上采取兼容并包的政策与中国的传统文化是分不开的。“和”是中国传统文化的特征，“和”的精神，是一种承认，一种尊重，一种感恩，一种圆融。中国传统文化“以和为贵”成功吸收了印度的佛教，容纳了伊斯兰教和基督教，形成了历史上多民族多宗教共生共长的良性文化环境。中国现有的五种主要宗教，除道教外，其他各大宗教均在不同的时期由外国传入中国，在中国生根、发展。历史上，各民族和睦共处，宗教和谐共生是主旋律。
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