1247年，贵由下了一个特别的命令。他派野里知吉带为征西军统帅，命诸王于各所属军队中拨发十分之二从征，并授予野里知吉带统辖阿姆河以西各地区和所驻蒙古镇戍军的全权，他人不得干预。很明显，这一举动是指向拔都的，因为这一时期拔都的势力已扩展到高加索地区，而贵由却特别指明这个地区应归野里知吉带管辖，其用意可见。
1248年初，自作聪明的贵由更撒了个只能骗他自己的蹩脚谎言。他假称要到叶迷立养病，随即率领护卫军西行。哪有养病还要长途跋涉，从蒙古草原骑着马跑到中亚的呢？只要动动脑子的人都能看出，他的真实目的是要去对付拔都。拖雷的儿子蒙哥和拔都的关系很好。他的母亲唆鲁禾帖尼很快就把这个消息通知给了拔都。拔都得到消息，立即起兵迎战。可是就在这一年的三月，当贵由经过今新疆乌伦古河上游河曲的时候，突然死了。对于这位短命大汗的暴毙有两种说法，一种认为他是被拔都派来的奸细毒死的；另一种说法则有些荒诞，说他是在酒后与拔都的弟弟昔班斗殴中被对方打死的。就算昔班再讨厌贵由也不可能把身为大汗的他打死吧？再说，在大战来临前夕，贵由会糊涂到去与拔都的弟弟喝酒吗？这些就不去研究了，总之贵由死了，这是事实，汗位又空出来了。
贵由死后不久，在拔都与拖雷系的操控下，拖雷的长子蒙哥坐上了大汗的位置。从此，大蒙古国汗位由窝阔台系转移到拖雷系。而在这场汗位争夺中，窝阔台系被彻底击败了，他们的封国被夺取、瓜分，从此以后再不立藩主、军队，除与拖雷家亲善的阔端诸子以外，全被夺走并分配了。
蒙哥在清除贵由朝异己诸臣的同时，开始对窝阔台统治末期政治的混乱进行大刀阔斧的改革。他首先从中央和地方统治机构入手。用原藩邸断事官长忙哥撒儿为全国大断事官，并设置了掌管和林宫阙、帑藏、斡脱、祭祀、医巫、卜筮、驿传等各部门的官员。随后在中原汉地和西域等地区设置官吏，下设汉文、波斯文、畏兀儿文、藏文、西夏文等各种文字的书记，对地方的赋税征收和官职授予进行管理。
蒙古本土以外各地，仍划分为中原汉地、畏兀儿地至河中地区和西波斯诸州三大区域，设置行政机构进行管理。将前朝及诸王滥发的牌印、诏旨、宣命一律收回，以后在未经请示朝廷的情况下，不得颁发涉及各地方事务的令旨，不得擅招民户。同时限制诸王、使臣驰驿的马匹数量。然而，由于所任用的官吏多是原来的贪赃之徒，结果新政未见成效，弄得“旧弊未去，新弊复生，其为烦扰，又益剧甚”。
不过在蒙哥统治时期，军事上的扩张还是卓有成效的。
最先是对吐蕃的征服。早在1240年，分封到凉州的阔端就遣部将朵儿达率军进入乌思藏，但不久就退回了。1244年，阔端再派朵儿达入藏召请在吐蕃最有影响的宗教首领之一萨斯迦派座主萨斯迦班智达（简称萨班）。萨班接到召令后，带侄子八思巴和恰那朵儿只一同来到凉州。1247年，萨班与阔端议定了西藏归附蒙古的条款。1252年，朵儿伯台率领蒙古军队奉旨进军西藏，完成了对吐蕃的征服。至此，一直处于分裂割据状态达四个世纪之久的西藏地区并入蒙古版图。
在1251年的忽里台大会上，蒙哥决定了他的两大远征计划，一是西征，一是南进。对于这次由旭烈兀指挥的西征，后文单作表述。南进的战斗由蒙哥和他的弟弟忽必烈亲自指挥。蒙宋战争开始后，蒙古军对宋的战斗一直没有什么进展。忽必烈深知南宋防守严密，一时无法正面进攻，于是奏请蒙哥，先取大理，然后从侧后包抄南宋。得到同意后，1252年秋，忽必烈率领蒙、汉诸军，以大将兀良合台总督军事。1253年，蒙古对大理的战争开始，到这一年的冬天，蒙军已经攻到了大理城下。大理国王段兴智与权臣高祥杀死了蒙古谕降使者，出城与蒙军大战，战败弃城而逃。1254年，段兴智被蒙将兀良合台在昆泽俘虏。到1255年，大理国五城、八府、四郡之地相继被蒙古征服。
忽必烈平定云南后，回到中原地区自己的封地。他在封地内重用汉臣，实行汉法，这些做法与代表游牧经济利益的蒙哥发生了矛盾。1257年，蒙哥对忽必烈手下的汉臣进行了清洗，一些汉臣被杀死，并迫使忽必烈交出了邢州、河南、陕西三地区的权力，撤销了三司。不过蒙哥没有杀忽必烈，只是解除了忽必烈的兵权，勒令他在家休息养病。不久又恢复了忽必烈的指挥权，要他带兵从江淮攻宋。1258年，蒙哥亲自统兵征宋，七月进发，1259年进入合州，围攻钓鱼城，连攻五个多月，损兵折将。一来暑气太盛，二来在攻取钓鱼城时蒙哥中箭，箭伤复发，蒙哥病死。蒙古军撤围北还，至此蒙宋战争告一段落。
名家回眸
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