那么，在采纳征讨日本本土建议之后，明廷究竟有无开展过相应的举措呢？答案是肯定的。刘元霖的《抚浙奏疏》卷十二《议留总戎疏》中就有明确的相关记载。
明廷定议征讨日本本土，将其实施的重点定位在浙江，首先在征讨日本的统帅人选上做了特殊安排。在正式发布征讨日本决议的前一天，为了更为有效地实施“捣巢”战略，明廷采纳前浙江巡按御史唐一鹏的建议，决定将广西总兵童元镇调往浙江主持征讨日本本土事宜。童元镇自万历十九年起由广西调任广东总兵，至万历二十三年又复改镇广西。在其镇守广东任内，他以“熟识岛情”为时所誉，并且在当时“曾与捣巢之议”。
二十多天后，浙江巡抚刘元霖接到了万历皇帝批准、经由兵部传达的浙粤易帅正式咨文。刘元霖在其《议留总戎疏》中称述当时情形：
二十六年二月初七日，准兵部咨，称征倭之策，以捣巢为奇，若欲捣巢，浙省为便，将广西总兵童元镇、浙江总兵李应诏互相更调。题奉钦依，仍行童元镇星夜抵浙，与李应诏交代以便赴广。李应诏未即离任，须行料理该省海务等因到臣。臣即移文总兵官李应诏钦遵。
据此可知，朝廷在当时已经决定在浙江重点开展征讨日本本土战略，并将广西总兵童元镇改调至浙江以为远征军统帅。兵部奉万历皇帝的钦命，通知童元镇“星夜抵浙”，而在童元镇到达浙江之前，一应海防事务仍然暂由原任浙江总兵李应诏代为料理。
对于朝廷的这一决策，巡抚刘元霖的立场颇为矛盾。浙江方面的社会舆论对该决策多持反对意见，士兵、百姓代表以及浙江兵巡海道以及浙江按察司均上呈文称誉李应诏的才德，希望巡抚刘元霖出面上奏请求予以保留。但刘元霖和巡按方元彦商议之后，仍然希望通过童元镇主持的捣巢之役“借手而收荡海之功，以释皇上东顾之怀”，最终以奉有万历皇帝“明旨”为由截留民意，命令李应诏遵旨候调。但是，在浙粤易帅的调令正式下达之后，朝廷着意勒令“星夜抵浙”的童元镇却迟迟未到浙江上任，浙粤易帅之事拖拽数月之久却毫无着落。刘元霖为此特意移咨兵部查问缘由。原来，童元镇逗留广西不发，因缘于广西爆发了瑶民（当时官方蔑称之为“猺贼”）叛乱。当时的广西巡抚戴耀奏题暂留总兵童元镇，请求“待猺贼事宁赴浙交代”。这一请求得到了万历皇帝的允准，结果易帅事宜漫为迁延。考虑到浙江方面的军务也不可疏虞，刘元霖再次上疏朝廷，要求朝廷“敕下兵部酌议，覆请特念防倭事重，远催童元镇限十月小汛以前赴浙交代，如果粤西猺贼倡乱，势难离任，即准将李应诏照旧留任”，希望童元镇能于当年十月汛前速赴浙江履任，如若不能做到，则请将原总兵李应诏留任在浙。
结果，当年十月，童元镇未能赴浙履任，“浙粤易帅”不了了之，征讨日本本土战略止步。
三
众所周知，16世纪末，日本丰臣秀吉出兵侵略朝鲜，明朝以军事、政治介入半岛冲突，整个东亚局势发生了巨大动荡。刘元霖抚浙期间，恰好经历了这场战争的议和、册封、再战、战后等阶段，其所撰《抚浙奏疏》中有相当一部分内容事关这场战争，可以将之看作以地方视角管窥整个东亚局势的一部代表性地方文献。通过梳理《抚浙奏疏》中的相关内容可以发现，当时的东亚整体局势与浙江有着密不可分的关系。这场战争对浙江，特别是对浙江军政产生了重大影响，同时，浙江通过整饬军备、调兵援朝以及响应明廷征讨日本本土战略号召，一定程度上又积极地反作用于当时的整个东亚局势。
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