路置总管府，长官为达鲁花赤、总管，又有同知、治中、判官等。至元二十年定制，十万户以上或虽不及十万而地当冲要者为上路，以下者为下路。
府有直隶都省和隶行省或宣慰司的不同，也有统州县与不统的差异。府设达鲁花赤和知府或府尹。
州县也以户数多少为差等。至元二十年，定五万户以上者为上州，三万户以上者为中州，不及万者为下州。上州置从四品达鲁花赤、州尹，六品同知和七品判官；中州置正五品达鲁花赤、知州，从六品同知和从七品判官；下州置从五品达鲁花赤、知州，正七品同知和正八品判官。
三万户以上者为上县，一万户以上者为中县，一万户以下者为下县。上县秩从六品，有达鲁花赤、尹、丞、簿、尉各一员；中县秩正七品，不置丞；下县秩从七品。
此外，在远离行省中心的地区，又置宣慰司，“掌军民之务，分道以统郡县，行省有政令则布于下，郡县有请则达于省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府，其次则只为元帅府”。宣慰司置使、同知、副使、经历、都事等。“其在远服，又有招讨、安抚、宣抚等使，品秩员数，各有等差”。
蒙古统治者最重军事，元朝的军制却最为混乱。时人记载：“本朝最偏重者无若军政，最纷乱者无若军政”，“大无纲纪，细无纪目……分隶频碎，源委隔绝，棼丝沸羹，互相争夺。内立枢府兵部，无簿籍之可寻；外设行省、统军万户府，无一定之行伍。”至于军队的数目，元朝官员中了解者也为数极少。当时，“天下军马总数目，皇帝知道，院官（指枢密院官）里头为头的蒙古官人知道；外处行省里头军马数目，为头的蒙古省官知道”。“更这边关机密，不合交多人每知道”。
早期，大蒙古国的军队除大汗的怯薛外，有诸王、驸马、功臣、千户的属民所组成的军队。凡有征伐，依大汗的征调出兵。如拔都西征、旭烈兀西征、忽必烈征大理等役，都由东西道诸王派子弟和属下军士参战。而攻坚和镇戍各占领地区，又有探马赤军。随着征服范围的扩大，各被占领地区的男丁也成为国家武装力量的来源，故有汉军、新附军（由南宋降军改编的军队）等名目。
按兵种分则有骑兵、步兵、水军、炮手军等类。
元朝的军事防卫可分为两大系统：保卫皇帝和京畿的宿卫系统和镇守全国各地的镇戍系统。
早期，大汗的宿卫由怯薛负责。世祖时，建立侍卫亲军，而怯薛之制不废。中统元年（1260），“谕诸路管军万户，有旧从万户三哥（指史天泽）西征军人，悉遣至京师（开平）充防城军”和“征诸道兵六千五百赴京师宿卫”之事，可能是忽必烈创建侍卫军之始。二年（1261），任董文炳为侍卫亲军都指挥使；三年（1262），命董文炳共领武卫军事。至元元年（1264），武卫军正式改为侍卫亲军，八年，亲军扩充为左、右、中三卫。到至元末，忽必烈共设置过侍卫亲军三十余卫。侍卫亲军设都指挥使，品秩与万户相当（正三品）。侍卫亲军由蒙古、汉军和新附军组成，迁入内地的色目人，如康里、阿速、钦察等后来也有被编入侍卫亲军者。
蒙古、探马赤军的防卫重点，主要是腹里地区，南至河南淮北，北至辽东以及西北、四川等地。淮河以南的广大地区，主要由汉军和新附军镇戍。
此外，忽必烈即位后，与西北诸王的军事对抗日益激烈，南方各族人民的反抗斗争也此起彼伏，为控扼边徼禁喉之地，常遣皇子镇守边境。如北平王那木罕镇守阿力麻里、和林，宁远王阔阔出镇守漠北，安西王忙哥剌镇守京兆和察罕脑儿，西平王奥鲁赤镇守吐蕃，云南王忽哥赤镇守云南等。
诸王、公主和功臣在汉地的分地，是封建制早期的领主制，建立在封建地主制经济和中央集权的郡县制地区的分封制不能不受环境的影响而有所变通。耶律楚材在太宗朝提出的五户丝制的实质就是由地方政权机构州县行使治理权，而由国家将封地内的部分税收颁赐给领主。太宗朝由于种种干扰未能认真贯彻执行，至世祖定制后，封地分别被纳入州县，原则上由地方政权机构管理，领主得自选任达鲁花赤监临。诸王则可由皇帝批准置王府，王傅由朝廷指派。漠北诸王封地则由诸王自治，而统以岭北行省。
名家回眸
行省制度的创立，对后世产生了深远的影响，它引出了绵延至明清以及近代的中央集权新模式。对于元朝实行的行省制度，中国历史学家钱穆先生在《中国历史政治得失》中评论说：说到行省制度的滥觞其实是元代中央集权高层统治之计，“行省”其实是“行动中的书省”，行省长官是中央政府（中书省）的代表，是由上而下的权力授予，完全没有中央政府与地方政府平起平坐的意思，没有地方自治的概念，没有权力分让的安排。
元世祖对儒士的重用孛儿只斤·忽必烈是元朝的创建者，是蒙古民族光辉历史的缔造者，也是蒙古族卓越的政治家、军事家。他一生征战，一统天下，建立了幅员辽阔的统一多民族国家元朝。然而就是这样一位草原英雄在蒙哥成为大汗之前，历史上很难找到忽必烈这个名字。而随着他的哥哥蒙哥的即位，忽必烈这个名字一下子就变得重要起来。1251年，蒙哥命忽必烈总理“漠南汉地军国庶事”，从这一刻起，忽必烈的命运就和华夏大地上的汉室江山紧密地联系了起来。
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