监察部：负责军队纪律的检查。
情报部：负责军事情报的收集整理。
此外开始筹备预备役机制，凡16岁以上50岁以下的健康男子都要定期参加军事训练，兵器装备由郡府统一安排。50岁以上者要利用农闲参加工程队修补城池、道路等公共设施，当然这种劳动是有一定的报酬的。
同时对于军队也进行了改革：
军队，以曲为基本单位，每曲500人，二曲1000人为一营，二五制。部上设师编制为5000人，五师为一军。曲下设5屯，每屯100人，屯下设2队，队下什和伍。
军职：伍长－什长－都伯－百人将－牙门将、骑督、部曲督等－别部司马（军司马）－都尉（骑都尉）－校尉。
中郎将（五官、左、右、虎贲中郎将类同五校）－裨将军－偏将军－杂号将军，四征、四镇、前后左右将军－卫将军－骠骑、车骑将军－大将军
其中校尉以上军官根据军衔可以有自己的专属护卫队。
士兵依据军龄及战功分为：新兵（1年）、下士（2年）、中士（3年）、上士（4年）。
根据不同的职能，军队分为城卫军和野战军两种，通过整编城卫军为十二个警备师，共六万人，在武威、兰州、张掖、酒泉、敦煌各一个警备师，蒙阴关和嘉峪关两个警备师，还有古城（死亡地带的出口）。西北牧场和山丹军马场各一个警备师。
野战军：步兵：一个军。五个师，骑兵：两个军，十个师，
此外，还建立两个独立黑骑师，编号第一、第二黑骑师，人数一万，是重骑兵部队。
所有的师级单位均采用番号管理——即军名加上师名，如第1军第1师，就可以称为011师或第11师（第十一师），或者是第16军第5师番号就为165师。如果将来的军数超过100，那就只好改为四位，不足四位的前边补零即可。如180军5师便是1805师，原先的013师更为0013师。
其中第11、12步兵师驻扎兰州，第13、14步兵师驻扎武威，第15步兵师驻扎西北牧场。孔召文等为校尉。
其中第11、12、13龙骑师驻扎兰州，第14龙骑师驻扎西北牧场，第15龙骑师驻扎山丹军马场。第二龙骑军和第一、第二黑骑师驻扎武威。王祖威，邓正来、聂松柏、卢萨卡、司徒雷登，孙英杰、段方伟、徐峰杨等为校尉。
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