不尸转生的三年期限结束后，连兜的药也救不了他，大蛇丸认为是时候利用佐助的身体进行灵界转生。
另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，没有什么利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。大蛇丸也不甘示弱，使用白蛇使役术将自己变为体型庞大的巨蛇，威力极为强大。大蛇丸打算通过此术来占据佐助的身体，结果因身体极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助吸收，灵魂与力量被完全压制。
之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出大蛇丸，他重见天日后本欲与鼬一较高下，结果被自己苦心寻找的十拳剑封印，保命用的小白蛇也被鼬的天照烧死。
第四次忍界大战期间，佐助、重吾、水月将大蛇丸从御手洗红豆的咒印中复活，并从兜身上取回了自己的查克拉以及兜在这期间所掌握的情报，与佐助、水月和重吾一同去寻找“知道一切真相的人”。
之后大蛇丸在宇智波一族的南贺神社利用之前留下卷轴的内容将被尸鬼封尽封印的自己双手及前四代火影的灵魂放出，并利用附身在佐助身上的白绝施展秽土转生，召唤了前四代火影；自己则以白蛇形态逃离因施术而濒死的躯体，夺取了具有初代细胞的白绝身体，并且恢复了双臂。大蛇丸在兜体内的这段时间想通了，连一直学习自己生存方式，处心积虑计划一切的兜都失败了，故选择帮助佐助，想要见证一个不同于自己的人生。
佐助决定阻止宇智波斑的阴谋后，大蛇丸与鹰小队剩余成员一同赶往战场治疗五影。
大蛇丸与三代火影联手对抗神树分裂体，师徒二人先利用大蛇丸潜影蛇手缠绕住神树分裂体，之后三代火影使用金箍棒将神树打断。与纲手看见了自来也的坟墓，感到惭愧。经过众人不懈的努力，十尾人柱力带土终于被击败了。
之后一只名为阿飞的漩涡状白绝在战场出现，拦住众人去路。阿飞与以三代目火影为首的忍者联军们展开恶战。与此同时，佐助被复活的宇智波斑击倒，生死未卜。香燐想前去救治佐助，大蛇丸则劝诫香燐三人等待合适的时机再行动。后大蛇丸四人抓住时机，压制住阿飞，并趁机突破阿飞的包围圈，前去找到佐助。正当香燐三人担心是否来的及治疗佐助时，大蛇丸发现兜已经在救治佐助。一段时间后，佐助被成功救醒。
无限月读开启后，大蛇丸连同其他人一起中了此术并被神树分裂体缠绕。
最终无限月读解除，包括大蛇丸在内的所有人终于重获自由。
外传
由于大蛇丸已经改邪归正，并且曾在第四次忍界大战中带领鹰小队剩余成员立过功，所以不用再被列入叛忍名单中，并且被允许在不涉及他人生命安全的情况下继续做实验，但仍需要被历代火影派人暗中监视。
第四次忍界大战结束后十几年，鸣人已经成为七代目火影，但此时却出现了冲着佐助而来的新敌人宇智波信。鸣人与佐助认为此事与大蛇丸可能有关系，于是找到大蛇丸。
大蛇丸告诉鸣人与佐助，信其实曾经是自己的实验体之一：信的体质非常特殊，对移植在自己身上的任何组织不会出现排斥反应。因此，大蛇丸在信身上移植了许多团藏在宇智波灭族事件中收集到的写轮眼，之后又将信已经移植好各种写轮眼的右臂送给团藏，作为团藏的新右臂。大蛇丸还曾用信的细胞克隆出了许多信的克隆人。后来，信带着部分克隆人们离开大蛇丸。
博人传
在《火影忍者剧场版：博人传》中，当博人和佐良娜问及巳月父母时，巳月回答是大蛇丸。当佐良娜追问（大蛇丸）到底是（你的）爸爸还是妈妈时，巳月回答我倒觉得（不管算是爸爸还是妈妈）都无所谓。与此同时，大蛇丸正在远处偷偷看着。
喜欢木叶见解请大家收藏：(m.xindingdianxsw.com)木叶见解顶点小说网更新速度全网最快。