张元忭“生有异质，又好读书”，常“以大贤自许”。初宗朱子学，后闻阳明致良知说，恍若有悟，喟然叹曰：“学在是矣！”自是学宗阳明，日究心学。（徐渭在其所撰的《阳明先生旧藏智永禅师真草千字文跋》中，误认为张元忭“每从文成讲学，私得借观（指智永禅师真迹），惊为希世宝墨”（蓬累轩：《姚江杂纂》，《阳明学》第162号，东京：明善学社，大正十二年2月1日刊）。元忭是王畿的学生、阳明的再传弟子，并未直接师从过阳明，作为元忭最要好的朋友，徐渭不会不知道。徐渭这么说，有可能是笔误，也有可能是想突出元忭在王门中的地位。）“而每病世之学文成者多事口耳，乃以力行矫之”，尝曰：“学者皆说良知不说致良知，去师门宗旨远甚。”又曰：“上智即本体为工夫，下学用工夫合本体。”其超悟融释，表里洞贯，不让诸入室弟子，而矫偏救弊，以羽翼师说，则所付之功甚著。元忭个性“特操端介，绝不喜媕婀事人，然坦焉躏中庸之庭，亦不欲以奇行自见”，所谓“绝不喜媕婀事人”，即保持独立人格；“不欲以奇行自见”，即恪守中道。
张元忭“座师为罗万化（康洲），尺牍往来，止称兄弟，不拘世俗之礼也”。但他在学问上受影响最大的还是阳明高足王畿（龙溪）。王畿称其“信予之过”，又说“（罗）康洲温而栗，阳和毅而畅；康洲如金玉，阳和如高山大川”。《明儒学案》中有元忭取王畿《中鉴录》教诲内廷宦官的记载。张家与王家还有联姻关系（〔明〕赵锦《龙溪王先生墓志铭》：“（龙溪）先生系出晋右军，世居越之山阴，与阳明为同郡宗人。大父理，临城县令。父经，贵州按察副使。先任台中，有直声。兄邦，有心疾，先生事之甚谨，翼之甚备。配张安人，贤淑无出，为置侧室钟，举子三：应祯、应斌、应吉。祯，庠生，娶中丞张公元冲女，生女一，配修撰张公元忭子汝懋庠生。”见王畿《王龙溪先生全集》卷二十二。），而王畿又是徐渭中表兄。但元忭并不全信王畿，从其《复王龙溪翁》书中委婉地批评王畿“向处山林，久与世隔，不知市朝之态”而一味责怪自己的叙述中，可以看出他对于王畿的态度似在师友之间。是故《明史·列传》曰：“（邓）以赞、元忭自未第时即从王畿游，传良知之学，然皆笃于孝行，躬行实践。以赞品端志洁，而元忭矩矱俨然，无流入禅寂之弊。”《四库全书总目》则认定其“与（王）畿之恣肆迥殊”。黄宗羲《明儒学案》亦评论说：“（元忭）先生之学，从龙溪得其绪论，故笃信阳明四有教法。龙溪谈本体而讳言工夫，识得本体，便是工夫。先生不信，而谓‘本体本无可说，凡可说者皆工夫也’。尝辟龙溪欲浑儒释而一之，以良知二字为范围三教之宗旨，何其悖也。故曰：‘吾以不可学龙溪之可。’先生可谓善学者也。”而所谓“吾以不可学龙溪之可”，即反映了元忭与龙溪唱反调的为学立场，比如龙溪“行不掩言”，元忭却“学先行谊，以戒慎恐惧为门，以出处辞受为则，即深谈妙至，而行不掩言无取焉”；龙溪务“虚谈”，元忭却“务实践”：“贵乡有文成公倡于前，我公（元忭）继之，诸青衿且鼓舞其间，而绌虚谈，务实践，又今日固本回生要剂也。”就是想为王门提供一帖“固本回生”的灵丹妙药。
张元忭之学，主张朱、陆调和，尝曰：“朱陆同源，而末流乃岐之，非是。”遂手摘朱子论著与阳明意符者汇集之，题曰《朱子摘编》，以祛世儒之惑。又强调王、湛并重，其《九华杂咏》曰：“太白豪气振万古，王湛一时两大儒。千载书堂九华胜，今来何事顿荒芜。”对同为阳明山阴弟子的季本和江右王门硕学邹守益之子邹德涵相当推崇，在季本殁后，尝私淑之，又曰：“弟自辛未春一见（德涵），即已倾倒，谓兄实我之师，非敢徒以为友也。”且与袾宏关系密切，憨山德清《古杭云栖莲池大师塔铭》称其与宋应昌、陆光祖、冯梦祯、陶望龄等皆为袾宏所化。（《古杭云栖莲池大师塔铭》曰：“师道风日播，海内贤豪，无论朝野，靡不归心感化。若大司马宋公应昌、太宰陆公光祖、宫谕张公元忭、大司成冯公梦祯、陶公望龄，并一时诸缙绅先生，次第及门问道者，以百计。皆扣关击节，征究大事，靡不心折，尽入陶铸。”见憨山《梦游全集》卷二十七，《中华佛教百科全书》本，第40481页。）尝与袾宏互为唱和，亦有儒禅归一之情趣。
张元忭生性耿直，不附权贵，虽为张居正门生，但在张氏生病、满朝为之奔走求神时，却不趋附奉承，显出独立之人格。故世人尝谓：“盖君之进也，出江陵门下，当其炎炎时，卑者蚁附，高者鸷鸣，而君不随不激，有以自守。”朝廷禁学期间，（绍兴）稽山文公祠、（杭州）天真文成祠，用新例尽毁，元忭叹曰：“崇祀先贤，兴起后学，何蠹于地方而以毁为？”于是“多方护持之，所以卒复两祠者，本子荩之力也”，同时“与郡守萧公（良幹）讲学于阳明祠”，以图恢复万历年间渐趋衰竭的绍兴讲学之风。
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